ImageJのManual Trackingから得た細胞のMigrationのデータからMean squared distanceを求めるプログラム。

clmyg.java
http://www.tulip.sannet.ne.jp/so16/data/clmyg.java
この１週間何を必死をこいて作っていたかというと、こいつです。
久しぶりにjavaでコードを書いたのですが、コメントも含めて500数行になってしまいました。
ちなみにImageJは画像処理ソフト。このプラグインであるManual Trackingで細胞の連続撮影のスタック画像から細胞の位置のXY座標を抽出することができます。
WCIF ImageJ bundle
http://www.uhnresearch.ca/facilities/wcif/download.php
imageJ plugin Manual tracking
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/track/track.html
　
計算の手法は、
Molecular Biology of the Cell Vol. 15, 982–989, March 2004
Nonmuscle Myosin IIB Is Involved in the Guidance of Fibroblast Migration□V
Chun-Min Lo,* Denis B. Buxton,† Gregory C.H. Chua,* Micah Dembo,‡
Robert S. Adelstein,† and Yu-Li Wang*§
http://intl.molbiolcell.org/cgi/content/abstract/15/3/982
を参考にして
さらにMean Squared Distance(MSD)の求め方は、
http://www.ccr.buffalo.edu/etomica/app/modules/sites/Ljmd/Background2.html
の計算式を参考にしました。
拡散方程式における二乗平均を求める際の統計的処理と同じ事をしています。
使い方自体はコードの中にも書いてありますが、
javac clmyg.java
でコンパイルの後、
java CellMygaration [Manual TrackingのResultファイル名] [撮影の間隔] [um/xyピクセル][１トラックの分割数] [１分割目の始まりのスライド] [１分割目の最後のスライド] [n分割目の始まりのスライド] [n分割目の最後のスライド] ......
で計算して、output[#][#].txtとRTIMEvsRRMSD.txtとTIMEvsMSD.txtを書き出してくれます。